O processo de licenciamento ambiental da UHE Estreito foi iniciado em 06/11/2000, com a solicitação de orientações ao IBAMA, para a elaboração do Estudo de Impacto Ambiental e do respectivo Relatório de Impacto Ambiental – EIA/RIMA. No final do ano de 2001 foi realizado o Estudo de Viabilidade de Engenharia da Usina de Estreito, constatando a sua viabilidade técnico-econômica.  Nessa ocasião, o IBAMA encaminhou o Termo de Referência para a elaboração de EIA/RIMA do empreendimento.

Julho de 2002, a CESTE vence o leilão organizado pela Aneel.

Ainda em 2002, o CESTE protocolou o EIA/RIMA junto ao IBAMA, dando continuidade ao processo de licenciamento ambiental. Em seguida, o IBAMA publica edital no Diário Oficial da União informando à sociedade o recebimento do EIA/RIMA.  O órgão ambiental solicitou a manifestação sobre o EIA/RIMA dos órgãos envolvidos com a implantação de um empreendimento desse porte. A análise do EIA/RIMA foi finalizada em agosto de 2003, pelo IBAMA, que também solicitou complementações ao documento. No final do mesmo ano, o CESTE encaminhou ao IBAMA as complementações ao EIA/RIMA solicitadas.

Uma primeira rodada de audiências sobre o projeto da construção da hidrelétrica ocorreu ainda no ano de 2002, que se estenderam até 2005. O processo de licenciamento da UHE obedece ao disposto na lei 6.938/81 e na resolução 237/97 do Conselho Nacional de Meio Ambiente – CONAMA, e compete ao IBAMA liberar as Licenças. Naquele ano, ao analisar os Estudos e o Relatório de Impactos Ambientais – EIA/RIMA a licença Prévia não foi liberada porque o órgão ambiental considerou que os estudos estavam incompletos. Exigiu que os mesmos fossem complementados, tendo sido concluído no final de 2004, sob responsabilidade da empresa CNEC Engenharia S.A, de São Paulo, ocasião em que o Consórcio CESTE reiterou o pedido da licença.

Audiências realizadas em 2002, 2005 e 2008: 15/07/2002, em Carolina (MA), 16/07/2002, em Babaçulândia (TO), 17/07/2002, em Filadélfia (TO), 18/07/2002, em Estreito (MA), 19/07/2002, em Aguiarnópolis (TO), 31/01/2005, em Estreito (MA), 01/02/2005, em Aguiarnópolis (TO), 02/02/2005, em Babaçulândia (TO), 03/02/2005, em Filadélfia (TO), 04/02/2005, em Carolina (MA). No dia 07/05/2008, a audiência foi realizada na cidade de Brasília (DF).

Em 29/04/2005 a Licença Prévia para implantação desta UHE foi emitida pelo IBAMA. A obtenção desta licença foi condicionada à apresentação do Projeto Básico Ambiental – PBA com o detalhamento de todos os programas ambientais e medidas mitigadoras consignados no EIA. O PBA aprovado pelo IBAMA traz 39 programas ambientais a serem desenvolvidos nas comunidades e na região, visando prevenir, mitigar e compensar as interferências sociais e ambientais ocasionadas pelo empreendimento. No PBA o empreendedor é obrigado a apresentar as atividades previstas para reduzir ou mitigar os impactos causados pela obra detalhando aspectos como: justificativas, objetivos, metas, indicadores ambientais, público alvo, instituições envolvidas, cronograma físico-financeiro. É com base no monitoramento deste PBA que o IBAMA tem condições de avaliar se as condicionantes realmente foram cumpridas.

Janeiro / fevereiro de 2005, são realizadas as audiências públicas nos municípios.

Em 14/12/2006, o IBAMA aprova o PBA e emitiu a Licença de Instalação – mas sem observar que os estudos complementares nas terras indígenas Krahô e Apinayé tenham sido apresentados às comunidades – autorizando o início das obras de construção da hidrelétrica.  Validade até 13/12/2010. Na ocasião, o CESTE propôs a instalação de 12 comitês de cogestão municipais, presididos pelos prefeitos. A instalação dos comitês é uma das condicionantes da Licença de Instalação (LI) concedida pelo IBAMA. A avaliação dos movimentos sociais e do Ministério Público Estadual e Federal, no entanto, é de que os comitês não cumprem a sua função de negociação democrática.

No dia 16 de abril de 2007 o Movimento dos Atingidos por Barragens (MAB) e lideranças indígenas paralisam a ponte rodoviária de Estreito. Eles queriam com o ato cobrar a revogação da Licença de Instalação da obra, cedida pelo IBAMA. Também denunciaram a forma como a CESTE, vem implantando a Usina e destacaram o autoritarismo e a falta de diálogo com as populações atingidas.

25 de abril de 2007, Justiça paralisa as obras em Estreito (ação movida por Cimi e MAB). • Junho de 2007, as obras são retomadas por decisão do TRF da 1ª Região.

Junho de 2008, Justiça federal paralisa as obras, nesta feita por ação movida pelo MPF. Obras são retomadas por decisão do TRF da 1ª Região.

Em novembro de 2010 o IBAMA concedeu a Licença de Operação, autorizando o CESTE a dar início ao enchimento do reservatório da UHE Estreito, sendo esta a última etapa antes do funcionamento das turbinas para a geração de energia. Entre as condicionantes estabelecidas pelo IBAMA para a Licença de Operação está a continuidade aos programas sociais e ambientais previstos do PBA. O empreendedor deve apresentar ao IBAMA relatórios semestrais prestando contas da execução dos programas previstos no PBS entre os quais estão:  Programa de Atendimento Médico-Sanitário para a população residente na área de influência direta da obra; Programa de apoio aos serviços de Segurança Pública; Programa de Apoio à População Migrante.

O PBA – Componente Povos Indígenas contemplaria quatro Terras Indígenas localizadas nos Estados do Maranhão e Tocantins, a saber:  Kraolândia, Apinayés, Krikati e Governador, por meio da implantação de uma cartela de projetos, a serem identificados pelas comunidades indígenas, agrupados em cinco eixos temáticos: segurança territorial, segurança alimentar; segurança ambiental; segurança cultural; e fortalecimento institucional.

A obra aparece no balanço do PAC II como concluída. Mas, do ponto de vista da avaliação do licenciamento ambiental, o IBAMA não tornou público um parecer que avalia o cumprimento por parte do empreendedor das medidas e programas acordados no licenciamento. Como também não tornou público uma avaliação do órgão sobre os impactos ambientais e sociais efetivamente observados ao longo da obra.

O CESTE tem concessão para operar a UHE Estreito por um período de 35 anos.

Terras Indígenas: afeta as populações indígenas Krahô e Apinayé no estado do Tocantins; Karajá, Krahô, Xerente, Apinayé, Javaé, Krikati e Gavião no estado do Maranhão.

Ribeirinhos: A principal interferência socioeconômica foi o remanejamento da população que residia nas áreas requeridas para a implantação da UHE Estreito. Os Municípios de Estreito (MA) e Aguiarnópolis (TO), por concentrarem as obras de implantação da barragem, passaram por uma transformação social. Eles receberam um contingente populacional migrante, atraído pela oferta de empregos, com sobrecarga na estrutura das cidades, como por exemplo, nas áreas de educação, saúde e lazer